Nằm trong kế hoạch cơ cấu nợ toàn diện tại Dự án Tòa nhà Dầu khí Nghệ An, PVIT đã tổ chức Đại hội đồng cổ đông bất thường ngày 4/11/2013 thông qua phương án phân chia và bàn giao tài sản còn lại của Dự án Tòa nhà Dầu khí Nghệ An cho hai tổ chức tín dụng là Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Việt Nam - Chi nhánh Nghệ An (BIDV) và Tổng công ty CP Tài chính Dầu khí - Chi nhánh Thanh Hóa (PVFC-TH) để cấn trừ công nợ.

Theo đó ngày 05/11/2013 PVIT, đã chính thức bàn giao tài sản để cấn trừ nợ cho PVFC - Thanh Hóa (nay là Pvcombank) gồm 4 tầng Trung tâm thương mại và 8 tầng Văn phòng cho thuê. Tổng tài sản cấn trừ công nợ tương ứng với dư nợ tại thời điểm 31/10/2013 là 303,59 tỷ đồng.

Đối với tổ chức tín dụng BIDV, PVIT đã phối hợp với BIDV tiến hành cơ cấu lại nợ nhằm giảm gánh nặng tài chính cho PVIT. Ngày 16 tháng 10 năm 2014 vừa qua BIDV - Nghệ An đã có thông báo số 01/TB.BIDV.NA về việc bán nợ cho VAMC. Theo đó kể từ ngày 30 tháng 9 năm 2014 số dư nợ vay (gốc) 47,34 tỷ đồng của PVIT tại BIDV Nghệ An đã được bán cho VAMC. Kể từ ngày 30 tháng 9 năm 2014 các nghĩa vụ liên quan đến khoản nợ vay phát sinh được thực hiện theo quy định của VAMC.